As descrições clássicas da Pedra Filosofal falam de uma pedra física que emite luz e calor, mas todas estas descrições falam de um aspecto bruto e sutil. Cada procedimento dentro da alquimia possui uma simbologia.
A Pedra Filosofal é, portanto, muito semelhante ao símbolo da rosa e da cruz (onde a cruz representa o corpo e a rosa representa o desdobramento da consciência do indivíduo).
Na idade média ela era tida como o Santo Graal e tornou-se não só a chave para a transmutação dos metais básicos em ouro, mas também guardava o segredo da vida eterna, a cura de todas as doenças e o caminho para a perfeição espiritual.
Acredita-se que a pedra filosofal transforma metal em ouro e curava doenças - seu significado real é a pureza e imortalidade.
Na modernidade, entre outras coisas, a Pedra também ganhou conceitos como “Iluminação”, “Consciência Cósmica”, “Cálice Sagrado”, etc.
Os alquimistas acreditavam que o ouro era um metal perfeito por causa de seu brilho e resistência à ferrugem.
No verdadeiro sentido: ouro significa buscar espiritualidade. Seu símbolo consiste em um triângulo que representam sal, enxofre e mercúrio, o quadrado que representa os quatro elementos e o círculo que representa o conceito de unidade.
Esses termos ― Mercúrio, Enxofre e Sal ― são apenas “códigos” usados para definir o espírito, a alma e o corpo das substâncias.
O Enxofre alquímico é a alma de qualquer material, ou, a consciência da matéria. É o princípio ardente, ativo, solar, masculino que dá a uma substância suas propriedades ativas em relação a outras subtâncias.
Nas obras alquímicas, o Mercúrio é o Espírito das coisas, sejam elas vegetais, metais ou psicológicas. Tendo Espírito como a parte não-física de uma pessoa, sede de suas emoções e caráter. Princípio aguado, passivo, lunar, feminino que representa a essência oculta e fonte criativa de vida que existe em todas as coisas.
Na Alquimia, o Sal simboliza o corpo físico e a matéria do qual a alma e sua força vital funcionam. O Sal representa a fixação, a materialização e a formação de corpos, e incorpora essas características que associamos à ideia de massa ou matérias.
Esta Pedra, uma vez adquirida, daria ao seu dono uma série de "poderes especiais", entre eles a "transmutação da matéria", o "elixir da vida eterna", a "panaceia universa"l e o "poder de criação do homúnculo".
Transmutação da Matéria: O famoso “transformar chumbo em ouro” é uma forma de descrever a ascensão da consciência a níveis mais nobres. Significa a elevação da consciência vulgar a níveis mais elevados. É equivalente ao processo de iluminação budista ou de santificação cristã.
Panaceia Universal: Também chamado de Azoth, é um remédio que cura todas as doenças físicas, mentais e espirituais. Significa que todo os males do ego são obliterados pela imensidão da Consciência Cósmica.
Uma consciência elevada por definição está acima dos apegos e dos sofrimentos próprios da personalidade abandonada em sua ignorância.
Elixir da Eterna Juventude: Poção da vida eterna. Enquanto a Panaceia Universal garante uma boa vida, o Elixir da Eterna Juventude garante que esta vida não terá fim. Significa que a Consciência Cósmica conduz à percepção da imortalidade na medida em que a identificação vulgar com o corpo e com a mente são transcendidos. Velhice e morte tornam-se conceitos ultrapassados.
Criação do Homúnculo: Criação de uma vida humana no laboratório. Significa a construção de um novo ser com o alquimista como arquiteto da sua própria existência. No processo alquímico, o antigo eu dá origem e lugar a uma nova forma.
A Pedra Filosofal é o objetivo maior por trás da Alquimia. Apesar das lendas atribuírem à Alquimia uma origem mais antiga (Antigo Egito) que os historiadores (Século I e II), a ideia de Pedra Filosofal originou-se com os alquimistas de Alexandria.
A saúde seria o equilíbrio e a doença seria o desequilíbrio de todas as energias presentes no ser humano, tanto no corpo físico como espiritual. Na alquimia não existe matéria morta e todas as substâncias, animal, vegetal ou mineral, são dotadas de vida e movimento, ou seja, possuem suas energias características.
Segundo Hermes Trimegistro em sua frase: "O que está em cima é semelhante ao que está em baixo". Tudo o que existe material ou espiritual constitui uma unidade. O mundo terreno é constituído pelos mesmos componentes que o mundo celeste.
O símbolo alquímico do ouroboros, que é a figura de uma serpente mordendo a própria calda formando um círculo, representa estas constantes transformações em que nada desaparece nem é criado, tudo é transformado como o princípio da conservação de energia, ou a primeira lei da termodinâmica.
Na maçonaria, no rito chamada Câmara de Reflexão, o candidato à iniciação permanece, em meditação, antes da cerimônia, representa o útero (da terra), do qual o candidato nasce para uma nova vida, representa a "prova da terra", um dos quatro elementos aristotélicos. Nela, entre diversos símbolos representativos da espiritualidade e do valor da vida honrada, encontram-se as substâncias necessárias à Grande Obra --- sal, enxofre e mercúrio --- para lembrar, ao candidato, que ele deve percorrer o caminho do conhecimento para chegar ao aperfeiçoamento espiritual e moral, que é a Grande Obra da vida.